Attestation d'isolement pendant congés annuels. Les CA sont ils perdus ?

Bonjour,
Ma femme infirmière, a attrappé le covid la veille de prendre une semaine de congés annuels,car elle avait très mal à la gorge et frissonait au travail la veille de ses congés. Elle a a fait 2 tests antigéniques au travail qui étaient négatifs.  Le lendemain (en repos hebdomadaire)une infirmière libérale lui a fait un nouveau test antigénique etait cette fois ci positif . L'infirmière libérale a fait le certificat de test et a déclaré en ligne. Elle a obtenu un certificat de test positif puis une attestation d'isolement lui imposant de rester à la maison alors qu'elle était en congés annuels Elle a reprit son travail ce lundi et l'employeur lui a dit qu'elle avait perdu ses congés annuels car une attestation d'isolement n'est pas un arrét maladie !!! 
Cela est il normal ? 
Merci pour votre réponse