Versement des IJSS en direct après avoir été subrogé pendant 5 mois

Bonjour à tous, 

Je suis en arrêt maladie pour burnout depuis 04/2024 et reconnu en ALD par la CPAM depuis fin aout/deb septembre. J'ai eu en fait une succession d'arrêts et reconductions d'une durée d'un mois .
Mon ALD n'est pas exonérante.
J'ai une garantie de maintien de salaire avec mon employeur et celui-ci est subrogé.

Dès le début, mes fiches de paie comprenaient le versement des IJSS ( avec un décalage d'un mois soit à partir de mai ) pour env 50% de mon salaire. ( je suis au maxi du montant journalier ) 
Là surprise, je viens de toucher directement sur mon compte le 17/10 de la CPAM mes IJSS pour les 14 derniers jours, sans aucune information particulière et j'avais touché en début de mois des IJSS pour 2 jours..
En fait, une "bascule" des versements s'est faite le 2/10 sans que cela corresponde particulièrement à qqchose .. ( mon arrêt initial est au 5/04 et les IJ démarrent le 08/04 avec les 3 jours de carence ) 

Chose plus surprenante, les IJSS versées à l'employeur étaient nettes d'impot et il ne les incluait pas dans le calcul du prélèvement à la source. Toutes les IJSS touchées depuis 5 mois sont sans IR.
Et là, dans le détail du calcul des IJSS que je viens de toucher en direct,  on me décompte mon IR avec le taux exact  en % que j'ai avec mon employeur ...
ESt ce que tout ça est bien normal ? Y a t il une explication particulière ? 
Si la CPAM me verse désormais directement les IJSS, mon employeur va-t-il me compléter les 36 jours qu'il a reçu d'avance et n' a pas encore versé ? 
Vais je devoir déclarer les IJSS percues sans prélevement sur ma prochaine déclaration  et verser un complément d'impot l'année prochaine?

MErci infiniment pour vos retours si vous pouvez m'aider.

En fait, je n'avais jamais été arrêté plus de 15 jours jusque là dans ma vie, et je ne cesse de m'étonner de constater des trucs improbables...
JE ne sais pas si mon employeur est fautif ou pas , et étant désormais en conflit avec lui via avocat, je  voudrai  être totalement objectif .
J'attends impatiemment ma fiche de paie d'octobre qui ne devrait plus tarder qui pourra peut être m'éclairer ...