Rémunération Arrêt de travail après période en chômage partiel

Bonjour, 
J'espère que vous pourrez m'aider. 
J'ai été en activité partiel (chômage partiel) durant plus 1ans.
Et en suite en arrêt maladie depuis 3 mois, ce qui impact mon salaire. Normalement ma société fait un maintien de salaire durant 3 mois à 100% sur une moyenne des 3 dernier salaire avant l'arrêt. 
Étant en activité partiel avant mon arrêt, il me notifie ne pas pouvoir prendre en considération les 3 derniers salaire pour le calcul de l'indemnité car en activité partiel mon brut et inférieur au net ( je ne sais pas pourquoi). Il a donc choisi de prendre pour le calcul mon salaire de base brut notifié sur mon contrat de travail. Ce qui actuellement me fait perdre plus de 1000€ sur ma rémunération car en effet mon salaire de base est 1850€ brut cependant étant sur un variable car j'ai des primes mon salaire de référence s'élève à 3200€brut, à t'il le droit de me faire un impact aussi important ? Je ne trouve de réponse nul part