Facturation électronique : ce qui change pour les entreprises dès le 1er septembre 2026

À partir du 1er septembre 2026, la réforme de la facturation électronique entre progressivement en vigueur. Si toutes les entreprises devront être capables de recevoir des factures électroniques, l’obligation d’en émettre ne les concernera pas toutes directement. Décryptage pour y voir plus clair.

Une réforme qui démarre le 1er septembre

Attendue, voire redoutée, la réforme de la facturation électronique entre en application à partir de ce mardi 1^er septembre et devient une nouvelle étape incontournable pour les entreprises françaises. Pour le gouvernement, il s’agit de moderniser les échanges entre professionnels, faciliter la transmission des données à l’administration fiscale et améliorer le suivi des factures. L’État espère ainsi - aussi - récupérer environ trois milliards d’euros de TVA égarée, sur les six à dix de manque à gagner annuel estimé.

Le calendrier prévoit cependant une mise en œuvre progressive :

• 1er septembre 2026 : toutes les entreprises devront être en mesure de recevoir des factures électroniques ;
• 1er septembre 2026 : les grandes entreprises et les ETI devront également commencer à émettre leurs factures sous format électronique ;
• 1er septembre 2027 : l’obligation d’émission sera étendue aux PME et micro-entreprises.

Les documents doivent désormais répondre à des formats structurés ou hybrides (comme Factur-X) et transiter exclusivement par des Plateformes Agréées (PA) certifiées par l'État, assurant la transmission automatique des données à l'administration fiscale (e-reporting). Le gouvernement propose sur son site une liste de ces plateformes agréées.

Les inquiétudes des plus petites structures

Si les grandes entreprises et les structures disposant de services comptables internes semblent prêtes, les TPE et indépendants peinent davantage. Beaucoup n’ont pas encore choisi leur plateforme. Le coût, souvent de quelques dizaines d’euros par mois, irrite d’autant plus que le gouvernement avait évoqué au départ un service public gratuit. Projet qui n’a pas été suivi dans les faits.

« Énormément de structures ne sont pas encore prêtes », avec « de nombreux appels d’adhérents qui se demandent comment ils vont faire » pour choisir leur plateforme, indiquait en fin de semaine Jean-Guilhem Darré, délégué général du SDI (syndicat des indépendants et des TPE).

Une période de tolérance accordée par l'État

Consciente de ces blocages, l'administration fiscale a cependant annoncé une période de tolérance initiale pour accompagner les professionnels sans appliquer immédiatement de sanctions financières (pouvant aller jusqu'à 15 000 € par an en cas de non-respect).

En juillet dernier, le ministre de l'Action et des Comptes publics David Amiel avait précisé que le gouvernement opterait pour une période de « bienveillance et de tolérance » à l'égard des entreprises « de bonne foi » qui rencontreraient des difficultés au 1er septembre.