Arrêts maladie : un délai de carence de bientôt 3 jours pour les agents publics ? (PLFSS 2026)

Dans le cadre du futur budget de la Sécurité sociale pour 2026, le Sénat a voté une mesure qui pourrait modifier très concrètement le quotidien des agents publics en cas d’arrêt maladie : le passage d’un à trois jours de carence. Autrement dit, si la mesure est maintenue dans le texte final, les jours d’arrêt maladie ne seraient indemnisés par l’Assurance maladie qu’à partir du quatrième jour. Décryptage d’une mesure qui pourrait rebattre les cartes.

Pourquoi cette modification ?

Les sénateurs qui soutiennent la réforme souhaitent aligner la Fonction publique sur les règles appliquées dans le secteur privé, où un délai de trois jours existe déjà. Pour eux, il s’agit d’assurer une égalité de traitement entre travailleurs, quel que soit leur statut, et de maîtriser les dépenses publiques.

Certains mettent également en avant les différences de taux d’absentéisme entre les deux secteurs, en soulignant que les arrêts maladie seraient en moyenne plus longs dans le public que dans le privé.

Des arguments contestés

Du côté du gouvernement, la lecture est différente. Le ministre délégué chargé de la Fonction publique, David Amiel, rappelle que l’écart d’absences entre public et privé s’est fortement réduit ces dernières années et qu’il n’existe plus de différence significative en matière d’arrêts maladie. « Est-ce que les agents publics sont plus absents que ceux du privé ? Non. Quand on regarde l’évolution ces dernières années, l’écart d’absences a été divisé par six et nous sommes aujourd’hui quasiment sur le même taux d’arrêt maladie », soutient-il.

Le ministre met également en avant une différence structurelle entre les deux secteurs : dans le secteur privé, la grande majorité des salariés bénéficient d’un complément versé par leur entreprise, qui permet de compenser tout ou partie de ces trois jours non indemnisés par l’Assurance maladie. Ce mécanisme n’existe pas de façon systématique dans la fonction publique. Un allongement du délai de carence entraînerait donc une perte de rémunération plus immédiate et plus importante pour les agents publics.

Quel impact financier ?

Le premier jour de carence, réintroduit en 2018, avait déjà permis une économie substantielle (environ 108 000 euros). Selon les estimations sénatoriales, l’extension à trois jours pourrait permettre de doubler ces économies.

La gauche sénatoriale y voit toutefois un risque : celui d’inciter des agents malades à repousser leur arrêt pour éviter une perte de rémunération, ce qui peut conduire à des arrêts plus longs ou à une dégradation de l’état de santé.

Une autre mesure adoptée : un départ à la retraite sur deux ne sera pas remplacé

En parallèle de l’allongement du délai de carence, le Sénat a également validé un amendement visant à réduire les effectifs de la fonction publique. Concrètement, un agent sur deux partant à la retraite ne serait pas remplacé (hors ministères régaliens : ministères des Armées, de la Justice et de l’Intérieur), avec un objectif de 23 000 postes supprimés, pour une économie totale de 700 millions d’euros.

Là encore, les avis divergent : pour les défenseurs de la mesure, c’est-à-dire la majorité sénatoriale de la droite et du centre, il s’agit de ralentir la progression de la masse salariale de l’État. Pour ses opposants, ce type de règle risque d’entraîner une baisse de qualité des services publics si elle n’est pas accompagnée d’une réflexion sur les besoins réels. La ministre des Comptes publics, Amélie de Montchalin met en garde : « On ne peut pas, d’un coup, réduire de 9 000 postes les effectifs de l’Education nationale sans anticipation ».

Une réforme encore incertaine

Pour le moment, ces mesures ne sont que des amendements votés par le Sénat. Elles devront encore être discutées dans le cadre du parcours législatif. Ce n’est qu’à l’issue des débats que l’on saura si le délai de carence sera bel et bien porté à trois jours pour les agents publics en 2026. Il en va de même pour la réduction des effectifs. Affaire à suivre.